科学

不只是尼安德特人:一位来自非洲的“幽灵”祖先写进了几乎每个人的DNA

Peter Finch

在非洲遥远的过去,早在我们的物种开始遍布世界之前,有一群人曾与一位陌生人相遇。我们没有这位陌生人的头骨,没有下颌骨,甚至没有一个名字——只有他们留存在我们体内的微弱印记,至今仍能在几乎每个活人的基因组中清晰解读。科学家们称这位亲戚为“幽灵”,而他们刚刚比以往任何时候都更清晰地捕捉到了它的轮廓。

我们讲述的关于远古混血的故事,通常以尼安德特人为主角——那个欧洲想象中眉骨粗重的表亲。但对我们DNA的最新解读,却将这个故事最古老的篇章完全转移到了别处——故乡。留下这一印记的相遇发生在非洲,发生在我们所有人的祖先之间,这就是为什么它的痕迹能同样轻松地在拉各斯的一位读者和利马的一位读者身上出现。

由Priya Moorjani领导的加州大学伯克利分校研究人员,开发了一种名为TRACE的方法,它完成了一件近乎不可能的事:在没有这位已灭绝亲戚任何DNA片段的情况下找到了它。这种方法不是挖掘骨骼,而是重建隐藏在现存基因组中的分支谱系,并寻找那些与人类进化树不符的片段。这项研究发表在《科学》杂志上,从这团乱麻中梳理出了两个失落的谱系——那些从未被任何化石命名的种群。

第一个就是那个幽灵本身。它大约在80万年前与我们这一支分道扬镳,大致与尼安德特人和丹尼索瓦人分化的时间相同,然后,在我们这一支走出非洲之前,它的族群和我们的族群共同孕育了后代。每个活着的人都携带着一点点它的基因——占基因组的0.5%到1%,这份遗产的大小与尼安德特人的份额相当,但年代要古老得多。第二个谱系则更为奇特:一个大约180万年前的“超级古老”谱系,从未直接接触过我们。它先是渗入了丹尼索瓦人,然后才间接地传到现代人身上,今天主要出现在大洋洲的岛屿上。

这是标题常常一笔带过的部分。“非洲的幽灵祖先”很容易被误听为只属于非洲人的东西。事实恰恰相反,真相更为温暖:因为这次相遇发生在任何人离开非洲大陆之前,所以这个幽灵是一份共同的遗产——它是地球上每个人确实共有的少数几样东西之一,写在了人类非洲童年的基因里。而且它并非无用的负担。那些借来的基因片段集中在负责免疫和新陈代谢的基因中,也就是决定身体如何对抗感染、如何燃烧能量的机制。换句话说,这是一份仍在发挥作用的馈赠。

这一切都没有面孔。研究团队坦承,他们无法说出这些人是谁:没有幽灵的基因组序列,全世界也只有一个丹尼索瓦人的基因组可以用来核对数据。这位亲戚仍然是数据中的一个形状,一个有边缘的空白——证明了有人曾在那里,却没有一丝线索表明他们长什么样。“谱系保存了我们进化历史的记录,”Moorjani说;TRACE只是学会了如何解读它。

因此,家族树与其说是一棵树,不如说是一条辫状河流,它的支流在百万年间分分合合。就在此刻,在每个大洲的某个人体内,一个为了抵御病毒而启动的基因,正在根据一位没有留下骨骼、没有留下名字、也没有留下记忆的陌生人——只留下了这个——所传递的指令工作。想象一下与他们相遇。你已经遇见了。

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